Program studi Ilmu Al-Qur’an dan Tafsir Fakultas Ushuluddin dan Pemikiran Islam pada mulanya bernama Tafsir Hadis. Pada tahun 2012, berdasarkan keputusan Dirjen Pendidikan Islam No. 1429 tertanggal 31 Agustus 2012, terjadi perubahan nomenklatur di Kementerian Agama Republik Indonesia, dari Prodi Tafsir Hadis (TH) menjadi Ilmu Al-Qur’an dan Tafsir (IAT/IQT) dan Ilmu Hadis (ILHA). Kemudian diperkuat lagi dengan keputusan Jenderal Pendidikan Islam No. 3389 tahun 2013 tentang Penamaan Perguruan Tinggi Agama Islam, Fakultas, dan Jurusan pada Perguruan Tinggi Agama Islam. Seiring dengan evolusi nomenklatur dan penyesuaian kurikulum yang lebih modern, program studi ini telah mengalami peningkatan mutu yang mendasar. Perubahan tersebut tidak hanya berupa peremajaan nama, tetapi juga merupakan upaya untuk memperkaya materi ajar, metode pengajaran, dan pendekatan riset. Transformasi ini membuka jalan bagi pengembangan jenjang pendidikan yang lebih tinggi, sehingga mendorong transisi yang natural dari program sarjana ke program magister, dengan penekanan pada penelitian mendalam dan inovasi keilmuan. Seiring berjalannya waktu, untuk meningkatkan kulitas pendidikan dan penelitian dalam bidang Ilmu Quran dan Tafsir, maka pada tahun 2013 melalui SK Dirjen Pendis nomor 2255, tanggal 19 Agustus 2013 berdirilah Program Studi Magister Ilmu Quran dan Tafsir pada Fakultas Ushuluddin dan Pemikiran Islam. Program Studi Magister IQT Fakultas Ushuluddin dan Pemikiran Islam UIN Raden Fatah Palembang memiliki peran strategis dalam pengembangan kelembagaan UIN Raden Fatah ke depan. Pengembangan dari program sarjana ke program magister merupakan cerminan dari upaya peningkatan kualitas pendidikan yang dilakukan secara menyeluruh. Transisi ini tidak hanya mencakup penambahan materi dan penyempurnaan metode pengajaran, tetapi juga penguatan kapasitas riset dan kerjasama lintas disiplin. Salah satu di antaranya adalah memupuk upaya bersama civitas akademika di perguruan tinggi ini untuk meningkatkan kualitas akademik dan pengembangan sumber daya manusia. Ketersediaan sumber manusia yang berkualitas dan berdaya saing diharapkan dapat mendukung konversi IAIN Raden Fatah dan mempercepat terwujudnya visi dan misi UIN Raden Fatah Palembang menjadi research university dan center of excellence di bidang-bidang ilmu keislaman. Dengan pendekatan multidisipliner dan orientasi riset yang lebih mendalam, program magister ini mempersiapkan lulusan yang tidak hanya memiliki pemahaman teoritis yang kuat, tetapi juga kemampuan analitis dan inovatif untuk menghadapi tantangan global di bidang keislaman. Sebagai salah satu bentuk komitmen Prodi dalam memberikan pengajaran, pendidikan dan penelitian yang baik bagi para mahasiswa dan stakeholderi, pada tahun 2022 Prodi Magister Ilmu Quran dan Tafsir telah mendapat akreditasi UNGGUL dari BAN PT berdasarkan SK BAN-PT No. 2036/SK/BAN-PT/Akred/M/III/2022.