Program Studi Aqidah dan Filsafat Islam didirikan dalam rangka menjawab kebutuhan masyarakat akan kajian aqidah Islam dan logika sebagai ilmu alat dalam menganalisis berbagai persoalan di masyarakat. Maka dari itu, dirasa perlu mendirikan Prodi Aqidah dan Filsafat Islam dalam rangka menjawab kebutuhan di masyarakat. Terkait dengan Prodi Aqidah Filsafat, Program Studi ini resmi dibuka melalui Keputusan Senat IAIN Raden Fatah Palembang No. 1 Tahun 1996. Sejak tahun ini juga dilakukan penyelenggaraan Jurusan dengan pembukaan dan penerimaan mahasiswa baru untuk Tahun Akademik 1996/1997. Program studi Aqidah dan Filsafat Islam dibuka untuk menjawab tantangan zaman untuk mengakomodir semua kebutuhan keilmuan di masyarakat, Prodi Aqidah dan Filsafat awalnya bernama jurusan Aqidah Filsafat. Pada tahun 2016 jurusan Aqidah Fillsafat berubah menjadi Program Studi Aqidah dan Filsafat Islam berdasarkan nomenklatur kementerian agama Republik Indonesia melalui Keputusan Dirjen Pendidikan Islam RI nomor: 6943 Tahun 2016 Tentang Perubahan dan Penyesuaian Nomenklatur Program Studi pada Perguruan Tinggi Keagamaan Islam ( PTKI).